Событие Click влияет только на первый элемент jquery

Вы не можете иметь один и тот же идентификатор для двух элементов на одной странице. Используйте это вместо этого

$(".block-instructors").on('change', function(e) {
  if ($(this).is(':checked')) {
    $(this).attr('value');
    alert($(this).val());
  } else {
    $(this).attr('value', 'false');
    alert($(this).val());
  }
});

<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"></script>
<label class="switch">
    <input type="checkbox" id="block-instructors" class="block-instructors" value="FMmRXgApuo5AZe4zGqUl">
    <span class="slider round"></span>
</label>                                            
<label class="switch">
   <input type="checkbox" id="block-instructors" class="block-instructors"  value="J0jcK7eUvadzSNaaoG2h">
   <span class="slider round"></span>
</label> 

Использовать класс вместо идентификатора:

$(".block-instructors").on('change', function(e){

Здесь вы определили несколько тегов с одинаковым идентификатором. Ваша функция jQuery начинает поиск идентификатора "block-instructors" и возвращает вам, где он находит первый в DOM. Вы должны преобразовать блок-инструкторы из идентификатора класса, а затем получить к нему доступ

Вы должны иметь уникальный идентификатор для отдельного элемента или тега. Когда вы нажимаете на него, он ссылается на последний, так как код выполняется строка за строкой. Попробуйте этот код вместо этого.

$("#block-instructors1").on('change', function(e,value){
    if ($(this).is(':checked')) {
        $(this).attr('value');
        alert($(this).val());
    }
    else {
        $(this).attr('value', 'false');
        alert($(this).val());
    }
});
$("#block-instructors2").on('change', function(e,value){
    if ($(this).is(':checked')) {
        $(this).attr('value');
        alert($(this).val());
    }
    else {
        $(this).attr('value', 'false');
        alert($(this).val());
    }
});

Чтобы выбрать первый элемент или любой из первых n-й элемент в jquery можно легко сделать с помощью: nth-child() селектор в jquery

Например для 2-го li в ul:

$("ul li:nth-child(2)")

Ссылку можно найти здесь