Perl. При перезаписи файла возникают дубли на UNIX SunOS

Сделал скрипт на Perl. Смысл его в том, чтобы перезаписывать значения в файлах (работа со списком) Проверил на Win - работа корректная, на UNIX создаются дубли с одинаковым названием файла:

-bash-3.00$ ls -la
total 13210122
drwxr-xr-x+  2 adm       4096 Sep 19 10:58 .
drwxr-xr-x+  5 adm         96 Sep 19 11:10 ..
-rw-r--r--+  1 adm    180143028 Sep 18 11:11 CMExport_BEL_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml
-rw-r--r--+  1 adm    180136758 Sep 19 10:44 CMExport_BEL_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml

-rw-r--r--+  1 adm    155967287 Sep 18 11:15 CMExport_BRN_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml
-rw-r--r--+  1 adm    155961633 Sep 19 10:45 CMExport_BRN_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml

-rw-r--r--+  1 adm    162663698 Sep 18 11:06 CMExport_IVN_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml
-rw-r--r--+  1 adm    162658484 Sep 19 10:45 CMExport_IVN_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml

-rw-r--r--+  1 adm    76585106 Sep 18 11:12 CMExport_KLG_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml
-rw-r--r--+  1 adm    76582356 Sep 19 10:46 CMExport_KLG_RNC_0.0.0.0_2017091806.xml

Причем в первом случае это 'документ XML' а во втором 'файл XML'

Подскажите пожалуйста как вылечить?

OC - SunOS oss-adapters-collector 5.10 Generic_142900-11 sun4v sparc SUNW,T5440

Пример кода:

use warnings;
use strict;
use diagnostics;
use POSIX 'strftime';

my $dateprev = strftime '%Y%m%d',localtime(time-172800);

my @file = `ls -a /directory/$dateprev`;

shift @file;
shift @file;

for(my $i=0; $i<@file; $i++)
{
    my $filename = "/directory/$dateprev/$file[$i]";
    open(SESAME, $filename)  or die "I can not open '$filename' $!";
    my @data = <SESAME>;
    close(SESAME);
my $what = '&lt;NULL&gt;';
my $then = ' ';
foreach ( @data ) {
    s{\Q$what\E}{$then};
}
#Записываем в файл массив
open(my $fh, '>', $filename) or die "I can not open '$filename' $!";
foreach (@data)
{
    print $fh "$_"; # Print each entry in our array to the file
}
close $fh;
}